Eloonjääneet, apinainflunssalle immuunit ihmiset, yrittävät parhaansa mukaan selviytyä maailmanlopusta. Caesar on kasvanut jo ihmisen lailla puhuvaksi apinoiden johtajaksi, joka elää laumansa kanssa metsikön ja luolan suojissa. Apinat haluaisivat olla rauhassa, mutta uhanalaiseksi itsensä kokeville ihmisille tämä ei tule kuuloonkaan. Ihmisarmeijan tuhoisa hyökkäys apinoiden reviirille saa Caesarin huomaamaan, että ihmisen kaltaisen kehityksen mukana tulevat myös ihmisille ominaiset tunteet, kuten kostonhimo. Caesar painii pimeimpien vaistojensa kanssa - mitä mieltä on muuttua entistä ihmismäisemmäksi, kun juuri ihmisille erityiset ominaisuudet tuntuvat vain johtavan kaikkeen pahaan? Caesar lakkaa elättelemästä toiveitaan rauhasta ja suuntaa kostoretkelle, etsimään käsiinsä ihmisarmeijan päällikköä. Kun Caesar ja eversti vihdoin kohtaavat kasvokkain, on heillä edessään eeppinen taistelu, joka määrittää molempien lajien kohtalon sekä koko planeetan tulevaisuuden.